本研究部門は植物と昆虫の形態学、種生物学、分類学、分子分類学、進化生物学、生物地理学など系統分類学に関わる諸分野の研究によって、日本から東・東南アジアにかけての地域における生物相の由来と種の多様性を中心に調べています。これらの基盤研究により、地球規模の環境問題の大きな課題として注目されている、生物多様性と生態系の維持・保全のために有効な提案を行なおうとするものである。

　標本資料の収集保存・管理運営を行うことも当研究部門の主要な仕事の一つである。収集された標本類は絶滅危惧種の保全や環境教育などの基礎資料として必要な物であり、とりわけ兵庫県産標本は、兵庫県の自然資源の評価に必要不可欠な資料となっている。

　当研究所自然環境系が置かれた兵庫県立人と自然の博物館は、マレーシアのサバ大学と学術交流協定を結んでいる。当部門では熱帯多雨林における生物多様性と生態系の持続という、全世界的な緊急の課題に共同で取り組み、大きな成果を挙げつつある。また先の淡路花博においては、サバ大学熱帯生物学研究所の全面的な協力を得て都市と緑の館でラフレシアなどの実物標本を使った展示を実現させた。世界的な環境問題を提示して行く事も当部門の大切な仕事の一つと考えている。

　生態研究部門では、人間活動の影響を含む生態系の研究を中心に、幅広い視野をもった研究活動を展開している。研究成果は、地理情報システムを利用して生物の生息状況や人間活動による影響をデータベース化し、その解析結果を「自然環境情報」として県政支援や市民の学習支援に活用している。生態学の研究は、さまざまなスケールでの時間的・地域的変動を念頭においてデータを集積し、その解析を通して生態学的な原理や法則を探っていく。そのために、研究者が「短期間で目に見える成果」をあげることは当然だが、長期的な視野をもって調査研究に取り組むことも重要である。生態研究部門では、河川などの地域性が複合的に入り組む流域生態系の問題、種間相互作用を通した種の多様性維持のメカニズムと地域生態系の保全、人為的環境改変が野生動物に及ぼす影響の理論的解析などで成果を上げている。20世紀後半の人間活動の増大は、深刻な地球規模の環境問題をもたらした。その原因の一端は、研究者が原理的発見を求めるあまり生態系への人為的影響研究を過小評価してきたこと、研究成果を充分には市民社会に還元してこなかったことに求めるべきであろう。人間活動を対象に取り込んだ生態系の研究と成果の市民社会への還元は、自然と調和した人間活動を実現させ自然環境の持続可能な活用方策を示す、「21世紀の生態学」として社会に重要な位置を占めるであろう。

　本研究部門には、都市計画、建築、緑地計画、まちづくりなど、様々な生活環境に係わる分野の専門家がいます。この様々な視点から、‘住んでいる人から見た’住みやすい地域づくり、すなわち「住民主体のコミュニティ・デザイン」の研究や活動支援をしています。一方、都市部から山間部まで、長期的な地域全体の環境整備についても調査・研究を行っており、生物生息環境等に配慮した、環境形成の手法や管理技術を提案しています。

　これまでの取り組みとして次のようなものがあります。

・住環境の向上に寄与する生け垣緑化推進、まちづくりの基礎となるコミュニティ形成調査など（住民参加・主導型地域づくり支援）

・被災直後の被害実態報告や復興計画への提案、仮設住宅の実態調査、緑のまちづくり支援など（震災復旧・復興支援）

・県立公園などの緑空間を中心とした、都市部〜郊外住宅地〜山間部のコミュニティデザイン

　今後も、住民やNPOと行政とが良きパートナーとなって地域をつくるために、橋渡しをするシクタンク型の研究組織として活動していきます。

　生物資源研究部門は生物多様性（生態系・種・遺伝子）の保全を目指して、「環境保全」、「環境復元」、「環境創造」等に関する応用研究を行っている。それらの研究を進めるために、当研究部門では、ジーンファームとよばれる実験圃場と生きた種子を保存する種子保存庫などの施設を備え、植物に関する植生学、保全生物学、保全生態学、土壌生態学など多様な研究者を擁している。 　生態系の点からは照葉原生林・照葉自然林・照葉二次林・照葉人工林・里山・孤立林・チガヤ草原・湿原などの調査研究を行い、保全、復元、創出のための管理方法などを提案し、また各種団体と協力してそれらの具体的な作業を進めている。 　種の保全については、人と自然の博物館ジーンバンク機能を活用して、兵庫県産の絶滅危惧植物であるフジバカマ・エドヒガン・コウホネ類・ヒナラン・クモラン・ケキンモウワラビ・ヒメウラジロなどの栽培・増殖や種子保存、一時避難などの活動や保存種子の発芽率調査などの研究を進めている 　生物保全のために上記の研究を進めるとともに、それらの研究実績、現存植生図や植生調査票など自然環境のデータバンク、上述のジーンバンクを活用し、国、府県、市町、民間などの環境アセスメント、尼崎21世紀の森事業、里山林整備事業、六甲山自然保護センター事業，猪名川自然林保全事業、円山川ひのそ島多様性保全事業等について積極的に協力し、シンクタンクとしての機能を果たしている。

　本研究部門の主な研究テーマは以下のとおりである。
1　宮崎県宮崎神宮における照葉人工林の種組成および種多様性に関する研究
2　沖縄県西表島における照葉原生林の種組成および種多様性に関する研究
3　東京都八丈島における照葉二次林の種組成および種多様性に関する研究
4　中国雲南省における照葉樹林におけるシダ植物の種組成および種多様性に関する研究
5　北摂地域（兵庫県東南部）における台場クヌギおよびエドヒガンの分布に関する研究
6　六甲山におけるブナ個体群およびススキ−ネザサ草原に関する植生学的研究
7　シカの食害による植生の退行に関する研究
8　シカによる食害地のシダを用いた植生復元に関する研究
9　竹林の管理に関する研究
10　埋土種子に関する研究
11　里山林の管理に関する研究
12　絶滅危惧植物の種子発芽および種子保存期間に関する研究
13　絶滅危惧植物の増殖に関する研究（オオハナウド、ベニバナヤマシャクヤク、フジバカマ、ムラサキ，ナガボテンツキなど）
14　絶滅危惧植物の栽培に関する研究（エドヒガン、ブナ、オグラコウホネなど）
15　宮崎県における寄生植物オオバヤドリギの生態に関する研究
16　シダ植物の胞子による増殖研究（ケキンモウワラビ、ヒメウラジロ、イワヒメワラビ）
17　絶滅危惧のラン類の増殖研究（サギソウ、ヒナラン、クモラン）
18　照葉原生林における着生植物の種組成および種多様性に関する研究
19　植生保護工におけるシダ植物の活用に関する研究
20　かしわもち，ちまきに利用する植物の植生学的研究
21　万葉集の植生学的視点からの民俗植生学的研究