自然環境と居住環境、自然・自然資源の評価と保全、人間活動の自然環境に対する影響、地域振興と地域資源の活用など、今後の人と自然の望ましい関わり方について5つの部門で調査・研究を行っています。

併設の博物館は、延べ床面積1万8千�u、100万点以上の収蔵資料を有し、シンクタンク、データバンク、ジーンバンクなど博物館を超えたユニークな機能を備えています。
また、小中学生向けから専門分野まで、多種多様なセミナーを毎月開催しています。

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　本来一体となって生活空間を形成すべきさまざまな領域を包括し、新たな視点で環境・景観形成に活用される新しい花と緑の技術や文化創造を考える学際分野としての「景観園芸」を提唱し、その深化のための研究とその普及のための教育活動を行っています。平成21年度からは大学院緑景観マネジメント研究科（専門職）が発足し、これまでの実績を生かした大学院教育に取り組んでいます。

併設の淡路景観園芸学校では、県民を対象とした「まちづくりガーデナーコース」、公立機関では初めてとなる本格的な園芸療法に関する専門教育を行う「園芸療法課程」など、きわめてユニークな教育課程をの教育を担当しています。

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　日本で初めての取り組みである特別天然記念物コウノトリの野生復帰と、世界ジオパークネットワークへの加盟をめざしている山陰海岸ジオパークという2つのビッグプロジェクトを中核に据え、地質多様性とそれを基盤とする生物多様性がもたらす生態系サービスを評価し、人の営みとの相互作用の中で活かすことをめざして実践的調査研究を行っています。

　併設のコウノトリの郷公園では、県民を対象とした環境学習講座を開催しています。また、山陰海岸ジオパーク推進協議会と連係して、エコツーリズムや地域づくりにも取り組みます。

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　主として、観測から得る情報をもとに、コンピュータを用いて、宇宙進化、宇宙構造の解明につながる研究活動を行っています。

　併設する西はりま天文台公園は、国内最大の2m望遠鏡を備えた新しい天文台が2004年11月に完成しました。これにより、太陽系天体から恒星、雲星、銀河等広範な研究観測が可能になるとともに、一般の人々がアクセスできる国内最大の公開天文台として、最先端の体験施設として成長します。また、県民を対象とした天文講演会や観測会を毎月開催しています。

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科学的・計画的な野生動物の保護管理(ワイルドライフマネージメント)の推進のための研究を行う系として2007年4月に増設されました。
　野生動物の中にはニホンジカのように個体数が増えすぎて、深刻な農林業被害や生態系被害がもたらすものがある一方、ツキノワグマのように個体数が減少して絶滅の危機にあるにも関わらず、人身事故被害などを起こすものもいます。野生動物の個体群を健全に維持しつつ、人との軋轢をどう許容可能な範囲内に抑制していくか、その答えが野生動物と人との共存のために求められています。
　これらの課題に答えるために、森林・動物系では、個体群生態学、動物行動学、被害管理学、危機管理学、野生動物医学、森林生態学など多様な研究分野からのアプローチを駆使して、課題解決型の研究を展開します。現状を把握するための科学的モニタリング手法の開発を行い、野生動物の数と分布、個体群の健全性、被害、生息地の状況についてのデータ収集を行います。得られたデータを分析することにより、野生動物を適切に管理するための目標設定、計画、システム作りの提案を行います。

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