自然・環境科学研究所は、環境人間学研究科共生博物部門および緑環境景観マネジメント研究科のふたつの大学院と連携し、それぞれにおける教育に協力しています。

　人と自然の博物館・コウノトリの郷公園・森林動物研究センターをキャンパスに、人と自然の共生を図るための実践的な知識と技術を培います。環境人間学研究科共生博物部門は、自然環境の保全や生態系の管理などに関心をもつ学部卒の学生がフィールドにでて研究を進めるのはもちろんのこと、これらのことに課題を持つ社会人が自らの職場をフィールドにして研究を進め、修士号を取得することを支援します。

　緑環境景観マネジメント研究科は、「都市や地域の緑地環境に関する具体的な理論と技術力をもって、人と自然の共生するまちづくり・地域づくりを市民とともに実現してゆく高度専門職業人」を育成する専門職大学院です。緑環境や景観の分野では、わが国初の専門職大学院として平成21年4月に開設されました。